Segretariato
Il Segretariato sostiene e coordina le attività del Consiglio di fondazione e del Consiglio della ricerca.
È responsabile di tutti i compiti amministrativi, nonché di promuovere la comunicazione e la rete di contatti del FNS nel contesto nazionale e internazionale. Il compito principale del Segretariato è lo svolgimento delle procedure di valutazione.
Comitato direttivo
Le redini del Segretariato sono nelle mani del Comitato direttivo, composto da Sébastien Stampfli, Céline Liechti, Angelika Kalt (direttrice), Thomas Werder Schläpfer e Katrin Milzow.